Онлайн геймърите допринасят за ХИВ пробив | happilyeverafter-weddings.com

Онлайн геймърите допринасят за ХИВ пробив

Структура на молекулата, която е от решаващо значение за това, че ХИВ се умножава декодирано от геймърите

Биохимиците работят от години, за да определят структурата на молекула, известна като HIV-1 протеаза. Протеазата е ензим, който "къса" дълги вериги от аминокиселини, направени от вирус, в по-малки вериги от аминокиселини, известни като вириони. Вирионите са способни да заразяват нови клетки и да получават нови протеини там. Ако вирусът никога не е "отрязан" от протеазата, той остава навита в дълга инертна верига, която не може да зарази нови клетки.


hiv_ribon.jpg
Протеазните инхибитори, както може да си представите, са основна цел на лечението на СПИН. Учените се опитват да установят геометрията на HIV-1 протеазата в продължение на почти 15 години. Онлайн геймърите декодирали структурата на молекулата само за три седмици.

Учените вече знаеха, че поставянето на HIV-1 протеазата е нещо като дъмбел, с два по-големи, сгънати краища, свързани с повече или по-малко права аминокиселини в средата. Те знаеха, че "снарягането" в двата края на гирата е аспарагинова киселина. Но те не знаеха как ензимът се позиционира така, че аспаргиновата киселина да разруши дългия пасивен вирус в по-малки активни части.

Прочетете повече: Зелените Glowing Cats ще помогнат при изследванията на ХИВ

За да получат поглед върху геометрията на ензима, изследователи в лабораторията на изследователя на СПИН д-р Дейвид Бейкър от университета във Вашингтон разработиха игра, наречена Foldit. Идеята им беше да се включат в огромната интелектуална енергия онлайн геймърите, пуснати в игрите си.


Foldit е поредица от игри (или уроци) за това как белтъците се навиват и развиват в клетка. Те започват с "една малка сблъсък" и работят по пътя си до "Rubber Band Reversal".

На геймърите се дава основна информация за това как отделните аминокиселини в протеина могат да привличат или отблъскват помежду си и след това те се представят с аминокиселинни последователности в реални протеини с известна геометрия, за да "сгънат". Те са поканени да се опитат да направят протеин, изобразен на бримката на екрана или да се размърда. Те могат да удвоят дължината на протеина, за да образуват спирала. Те могат да разклатят протеина, да работят само върху сегментите на протеина, да замразят и размразяват сегментите и да въведат кръстосани връзки, за да задържат протеина заедно. Те могат да направят протеина повече или по-малко компактен и да използват празен инструмент, за да видят кои части от протеина могат да се обработят повече.

Играта генерира резултат, базиран на това колко добре е сгънат протеинът в сравнение с това, което учените вече знаят, и сайтът поддържа списък с геймъри с високи резултати. Играчите на Foldit могат да споделят решения и да формират групи или да се конкурират помежду си поотделно. След това учените използват анализират как геймърите са взели решения относно сгъването на протеините, за да напишат нови алгоритми за компютър, за да обяснят структурата на все още неизвестни протеини.

Foldit е онлайн от 2008 година. Структурата на протеазния ензим е четвъртият научен пробив, направен с помощта на онлайн геймърите. Когато суровата изчислителна мощност не е достатъчна, за да могат учени да разберат проблема, Foldit и подобни инструменти правят научното откритие възможно чрез използването на crowdsourcing.